Um sistema de eletroforese consiste em dois componentes principais: uma fonte de alimentação e uma câmara de eletroforese. A fonte de alimentação fornece energia. O “poder”, neste caso, é a eletricidade. A eletricidade proveniente da fonte de alimentação flui, em uma direção, de uma extremidade à outra da câmara de eletroforese. O cátodo e o ânodo da câmara são o que atraem partículas com carga oposta.
Dentro da câmara de eletroforese há uma bandeja – mais precisamente, uma bandeja de fundição. A bandeja de fundição consiste nas seguintes partes: placa de vidro que fica no fundo da bandeja de fundição. O gel é mantido na bandeja de moldagem. O "pente" se parece com o seu nome. O pente é colocado em ranhuras na lateral da bandeja de fundição. Ele é colocado nas ranhuras ANTES de o gel quente e derretido ser derramado. Após a solidificação do gel, o pente é retirado. Os “dentes” do pente deixam pequenos buracos no gel que chamamos de “poços”. Os poços são feitos quando o gel quente e derretido se solidifica ao redor dos dentes do pente. O pente é retirado após o resfriamento do gel, deixando poços. Os poços fornecem um local para colocar as partículas que você deseja testar. Uma pessoa deve ter muito cuidado para não romper o gel ao carregar as partículas. Rachar ou quebrar o gel provavelmente afetará seus resultados.